В статье на основе полевых исследований, проведенных в августе 2009 г., рассмотрена проблема загрязнения марганцем вод р. Большой Иргиз в Саратовской и Самарской областях, а также на водозаборе г. Пугачёва. Приведены результаты химикоаналитических работ о качестве речной воды в русле, старицах, прудах и водохранилищах Большого Иргиза, а также на городском водозаборе и водопроводных сетях. Предложено объяснение периодического (сезонного) превышения ПДК речных вод по марганцу маловодьем реки и процессами эвтрофикации в ней.